Goethe trata aqui, mais uma vez, do grande tema do teatro barroco:
a luta entre o céu e o inferno por uma alma humana.

Primeira parte

Em seu gabinete, Fausto medita sobre sua existência e o sentido da vida. Através da magia, tenta desvendar o mistério do mundo, que não consegue. Depois de conversar com seu criado Wagner, pensa em suicídio como forma de salvação mas desiste ao ouvir o repicar dos sinos da Páscoa. Passeando com Wagner ele se comove com a natureza e descobre duas almas dentro de seu peito que desejam separar-se. Um cão, que o segue até seu gabinete se apresenta como Mefisto. Fausto propõe-lhe um pacto: Mefisto deve acompanhá-lo em sua vida terrena e em troca poderá dispor de sua alma, no além. Um dia, Fausto é levado ao laboratório das bruxas e a partir daí se apaixona por uma jovem angelical de nome Margarida. O amor puro de Margarida e sua suspeita de que Mefisto é diabólico despertaram em Fausto seu lado melhor. Um sonífero dado à mãe, para possibilitar que Fausto passe a noite com Margarida tem conseqüências fatais. Ao tomar conhecimento dos fatos, Valentim, irmão de Margarida, briga com Fausto que acaba por matá-lo. Desesperada Margarida reza diante da imagem de N. S. das Dores e escuta a voz incriminadora de sua consciência. Enquanto isso, Mefisto conduz Fausto para a noite de Walpurgis. Uma terrível desilusão está por acontecer. Fausto encontra Margarida, que matara o filho, já numa prisão, louca. Ela se dá conta de que Mefisto é o diabo e se entrega à justiça divina.

Mater Dolorosa

(No nicho da muralha a imagem da Senhora
das Dores, com jarras de flores em frente.)

MARGARIDA, pondo flores nas jarras:

Oh! inclina,
Senhora das Dores divina,
A graça desse olhar à minha triste sorte!

Com a espada no peito,
O coração desfeito,
Contemplas, Lacrimosa, o teu Filho na morte.

Ergues a Deus o olhar,
E com teu suspirar
Pedes piedade para a sua e tua sorte.

Quem sente
O ardente
Fogo a roer-me as entranhas?
Como este pobre peito anseia,
Como treme e receia,
Só tu o sabes, ó Mãe de dores tamanhas!

Para onde quer que eu for,
Que dor, que dor, que dor
Aqui, dentro de mim!
E, mal estou sozinha,
Parte-se a minha alma,
Choro, choro sem fim.

Os vasos da janela
De lágrimas reguei
Quando hoje de madrugada
Estas flores te cortei.

E logo que ao nascer
O sol no quarto entrou,
Já sentada na cama
A chorar me encontrou.

Socorro! livra-me da vergonha e da morte!
Oh! inclina,
Senhora das Dores divina,
A graça desse olhar à minha triste sorte!

Mater Gloriosa

UMA DAS PENITENTES, que outrora se chamou Margarida,
aproximando-se docemente:

Inclina, inclina,
Ó Incomparável, Divina,
Ó Gloriosa, Ó Radiosa,
A graça desse olhar à minha feliz sorte!

O Amado de outrora
Ei-lo regressa agora
Não turbado e liberto já das leis da morte.

Segunda parte

Adormecido numa paisagem Fausto tenta esquecer a tragédia com Margarida. Ariel, o espírito do vento, liberta-o do arrependimento. Mefisto leva Fausto à corte imperial e, como conseguem resolver os problemas financeiros do imperador, são homenageados. O imperador exige uma prova das artes mágicas de Fausto e exige que este faça aparecer Helena e Paris, figuras da mitologia grega. Ele consegue as figuras em sua forma corporal, mas quando tenta abraçar Helena, dá-se uma explosão e Fausto desmaia. Mefisto transporta-o ao seu gabinete, onde seu ex-criado trabalha na produção de um homem artificial. Homunculus, o homem artificial, aconselha Mefisto a levar Fausto à noite de Walpurgis na Grécia. Fausto procura por Helena e encontra a vidente Manto que lhe proporciona o acesso ao mundo subterrâneo, onde Helena poderá ser encontrada. No mundo dos seres antigos Mefisto só consegue se ambientar a duras penas. Deus Sismo provoca um terremoto e Mefisto fica desnorteado. Na horrível máscara de Forcis, Mefisto recupera sua autoconfiança. Na Grécia consuma-se o destino de Homunculus, que deseja se livrar da sua figura de anão. Para tanto, visita o filósofo Tales, Nereu, o rei do mar e Proteus, que pode transformar tudo. Proteus aconselha a iniciar sua metamorfose na água mas Homunculus se despedaça, transformando-se em fosforescência do mar. Nesse meio-tempo, Fausto consegue tirar Homunculus do mundo subterrâneo.

O tempo retrocedeu: Helena teme a vingança de seu marido e Forcis aconselha a fuga. Num castelo medieval ela se casa com Fausto e tem um filho. Helena volta ao reino das sombras. Forcis se transforma novamente em Mefisto. Fausto toma partido do imperador que se encontra diante de uma rebelião e vence a batalha com a ajuda de Mefisto. Como recompensa Fausto recebe do imperador terras e começa a cultivá-las. Em um determinado momento desta nova vida de Fausto, se aproximam quatro figuras de mulher: a culpa, a carência, a preocupação e a necessidade. Lutando por impedir a entrada de todas, não consegue a da preocupação que o cega. Mesmo cego, ele se mantém em atividade e sonha com sua obra terminada. Ele morre e Mefisto pensa que venceu a aposta. Entretanto, como Fausto morreu desejando o futuro e a continuidade da jornada espiritual, os anjos salvam sua alma e Mefisto perde o jogo.