A Constituição da República descentralizou completamente a instrução primária, entregando-a aos estados, e no Distrito Federal, à municipalidade. Quase todos os estados pelas suas Constituições encarregaram expressamente às câmaras municipais o ensino primário, sem prejuízo da sua competência. O Congresso exerce a atribuição privativa de legislar sobre a instrução superior. Incumbe-lhe, ao mesmo tempo, mas não privativamente, criar, nos estados, instituições desse grau de instrução e da secundária, cujo serviço é reservado à União, no Distrito Federal, assim como animar, no País, o desenvolvimento das letras, ciências e artes. A União, enfim, à semelhança do Estado, sob a Monarquia, tem a direção suprema do ensino secundário e superior.

A sua descentralização absoluta, entretanto, já foi proposta, na Câmara dos Deputados, especialmente em um projeto apresentado na sessão de 1896. Ele determinava que os estabelecimentos de instrução superior que a União possui em alguns estados lhes fossem transferidos, e, dadas certas hipóteses, ficassem sob a direção da municipalidade da Capital desses estados, ou passassem a associações civis, formadas para fundarem e manterem uma universidade. Dispunha mais que as associações desta espécie, constituídas para o mesmo fim, e, nas associações desta espécie, constituídas para o mesmo fim, e, na falta delas, a Municipalidade do Distrito Federal, pertencessem o Ginásio Nacional, os institutos públicos de ensino superior e os principais estabelecimentos científicos existentes no Rio de Janeiro.

Evidentemente, as condições do nosso País não se prestam a semelhante mudança radical do sistema administrativo da instrução. Os estados, quanto mais as municipalidades e associações particulares, longe estão de poder dispor, como a União, dos meios indispensáveis de que precisam os altos estudos para o seu aperfeiçoamento e progresso. Em todo caso, a unidade do ensino científico, um dos elementos vitais do organismo nacional, que a República já tanto enfraqueceu; privando-o da unidade de direito, não pode ser conservada senão pela ação imediata e a vigilância efetiva da autoridade central. Tirar-lhe a legítima intervenção neste serviço de interesse coletivo, fora expor a grande cultura do espírito aos riscos do acaso, ou, pior ainda, às especulações do industrialismo.
A Constituição da República, também, proclamou definitivamente o ensino leigo, inaugurado sob a Ditadura.

Em relação ao ensino religioso, o Segundo Reinado tinha concedido a liberdade de consciência tanto quanto as circunstâncias permitiam. Havia mais de três séculos, desde o descobrimento do Brasil, que a religião católica era professada pela grande maioria dos habitantes deste País, tornando-se, afinal, a religião do Estado. Um vínculo estreito, pois, ligava a instrução e a educação ao ensino religioso; mas o ensino religioso, que, bafejado pelo sopro divino da fé, tendia a elevar o espírito a Deus, a purificar os costumes, a fortificar o caráter, não tolhia a liberdade de consciência. Apesar dele, ficara, de alguma sorte, secularizada a escola. Na sua inspeção não tinha nenhuma ingerência a autoridade eclesiástica. O professor mesmo explicava o catecismo na aula especial da escola primária, ou do Colégio Pedro II, fora das horas em que funcionavam as outras classes. Não eram obrigados a freqüentar aquela aula os alunos acatólicos. De mais, o juramento religioso, prescrito para a colação dos graus da instrução secundária e superior, foi substituído pela promessa do fiel cumprimento dos deveres inerentes ao grau. Que mais se podia querer a respeito da neutralidade religiosa da escola, quando havia uma religião predominante no Estado?

Eis que a Constituição republicana declarou que "nenhum culto ou igreja teria relações de dependência ou aliança com o governo da União ou o dos Estados." A secularização completa da escola foi, por certo, um consetário desta separação. De então por diante, não se deveria mais ensinar na escola, mantida pelo poder público, os dogmas de uma religião particular, o que importaria dar-lhe preferência às outras. Se, porém, o ensino religioso dogmático deixou de fazer parte integrante do programa da escola, não se segue que dela tenha sido excluído o ensino das duas transcendentes verdades comuns a todas as religiões, e das quais uma é a base, e a outra a sanção da moral universal, a saber: a existência de Deus e a imortalidade da alma. É assim que entendem o ensino leigo países liberais que o têm adotado, nomeadamente a Holanda e os Estados Unidos.

Todavia, o ensino leigo, como a República o interpreta e aplica, de acordo com os que proscrevem dos domínios da ciência o sobrenatural, e preconizam a moral independente, é o ensino sem a noção de Deus e dos deveres do homem para com Deus; é o ensino que inculca ao espírito das crianças e dos jovens, que o recebem, a indiferença religiosa, ou a incredulidade. "Dos Estados Unidos copiamos, diz um honrado publicista da República, tudo o que as nossas instituições consagram, mas, por fatalidade ou capricho, eliminamos quanto lá existe em sinal de reverência e amor para com Deus.

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(A Instrução, in A década republicana, 1899.)